Durante la operación o la vida útil de cualquier negocio, es probable que enfrente diferentes desafíos en ciertas etapas. Al igual que cualquier otro negocio, el transporte de cargadores también experimenta una serie de desafíos durante sus operaciones. Algunos de los desafíos obligan a algunas empresas a cerrar sus negocios debido a la magnitud de las consecuencias negativas asociadas con los desafíos. Si muchos de los desafíos persisten y no se abordan a tiempo, la mayor parte del transporte de buques operará con pérdidas, lo que hará que la mayoría de ellos cierren. Algunos de los desafíos que enfrenta el transporte marítimo incluyen los siguientes;

Hay un aumento en la congestión portuaria, especialmente en los países en desarrollo. La mayoría de las instalaciones de manejo de puertos en los países en desarrollo no son eficientes debido al atraso tecnológico. Todavía no se han actualizado a la tecnología más actual que crea eficiencia. Los puertos reciben mucha carga de la que pueden manejar y esto crea demoras innecesarias, especialmente durante la limpieza y el reenvío. Por lo tanto, la mayor parte de la carga transportada se detiene en el puerto mientras espera el despeje. Esto afecta negativamente al transporte de cargadores.

La congestión causada en el puerto obliga a los transportistas a emplear más personal de logística para ayudar en la limpieza y el reenvío. Esto significa que el transporte de los cargadores tiene que incurrir en más gastos en términos de manejo de logística. Un aumento continuo en tales costos significará que el transporte de buques operará con pocas ganancias e incluso puede empeorar al degenerar en pérdidas. Por lo tanto, esto pone en riesgo el negocio. El aumento en los costos operativos empeora aún más por los precios vertiginosos del combustible. La mayoría del transporte de los cargadores depende en gran medida del combustible para alimentar sus máquinas. Un aumento considerable en los precios del combustible significará un aumento en los costos operativos. Esto reducirá la cantidad de ganancias que obtiene el negocio.

Otra amenaza para el transporte de cargadores son las condiciones climáticas adversas, especialmente con respecto al transporte marítimo. Los patrones climáticos impredecibles como las mareas y las olas han dado un gran golpe al transporte de barcos. En algunos casos, un barco que transporta carga puede hundirse debido a las fuertes olas y las mareas. En otros casos, parte de la carga que se transporta deberá arrojarse al mar para garantizar que el barco no se hunda. Esto tendrá un impacto negativo en las operaciones de una empresa, ya que causará graves pérdidas. Cuando la carga se arroja al mar para evitar que el barco se hunda, el transporte del barco tiene la responsabilidad de compensar al destinatario.

Además, el transporte de cargadores también se enfrenta a un aumento de los casos de piratería marina. La mayoría de las rutas marítimas están resultando inseguras ya que los piratas continúan secuestrando buques de carga y exigiendo rescates a cambio antes de liberar el barco. Cuando esto sucede, la embarcación se detiene durante largos períodos de tiempo, lo que significa que el transporte de los cargadores ya no puede realizar ningún negocio significativo hasta que se haya pagado el monto del rescate. Durante tales casos, la entrega de la carga se retrasa e incluso se puede moderar parte de la carga antes de que se realice la entrega, ya que la embarcación se mantiene como rehén.